Η Φυσικοπαθητική έχει τις ρίζες της στον πατέρα της Ιατρικής τον Ιπποκράτη ο οποίος πρώτος περιέγραψε τον ανθρώπινο οργανισμό σαν ένα ολιστικό συνδυασμό σώματος, πνεύματος και νου, σε αρμονία με τα τέσσερα στοιχεία του φυσικού κόσμου.
Η Φυσική θεραπευτική του Ιπποκράτη περιλάμβανε τις μεθόδους της Νηστειοθεραπείας, της Υδροθεραπείας, της θεραπευτικής Μάλαξης και του θεραπευτικού Αγγίγματος, της Ασκησιοθεραπείας, της Διατροφολογίας, της Βοτανολογίας, της Ψυχοδυναμικής, της Αεροθεραπείας και της Ηλιοθεραπείας.
Οι πρώτοι ιατροί και θεραπευτές ασχολήθηκαν με βότανα, τροφές, νερό, νηστεία, — ήπιες θεραπείες που δεν επισκιάζουν τις θεραπευτικές δυνάμεις του ίδιου του σώματος.
Με την παρακμή του αρχαιοελληνικού κόσμου τα θαυμάσια φυσικοπαθητικά θεραπευτικά και προληπτικά μέσα του Ιπποκράτη παραγκωνίστηκαν.
Η ιδέα πως η ίδια η φύση θεραπεύει, για πολλούς αιώνες έπεσε σε παρακμή και μόνο κατά τον 17°” αιώνα ο Γερμανός φιλόσοφος ονόματι Σταχλ. Ο Σταχλ ανέπτυξε πάλι την άποψη της ύπαρξης ιαματικών δυνάμεων εντός του οργανισμού, κάτι που συνοψίστηκε στη λατινική διατύπωση «VIS-MEDICATRIX- NATURAE».
Έτσι δημιουργήθηκαν σταδιακά δύο θεραπευτικές τάσεις, η συμβατική ιατρική από τη μία με αποτελέσματα περισσότερο κατασταλτικά και η εναλλακτική θεραπευτική από την άλλη που στηρίζεται στις αρχαίες αρχές της Φυσικοπαθητικής.
Στη σύγχρονη ιστορία αναμορφωτής και πατέρας της σύγχρονης Φυσικοπαθητικής μπορεί να θεωρηθεί ο Βαυαρός ιερέας Sebastian Kneipp(1821-1897).
Ο Kneipp αρρώστησε βαριά και με την Υδροθεραπεία ανέκτησε τη χαμένη υγεία του. Χτίζοντας και συστηματοποιώντας τη σύγχρονη επιστημονική υδροθεραπεία και Φυσικοπαθητική στη Γερμανία, απέκτησε διεθνή φήμη και προβολή από το θεραπευτικό του σύστημα, αφού θεράπευσε χιλιάδες ανίατους ασθενείς.
To 1891 ο Kneipp θεράπευσε έναν εξέχοντα Αμερικανό Γιατρό τον Dr.Lust, ο οποίος πήγε για τον λόγο αυτόν από την Αμερική στη Βαυαρία, αφού βασανιζόταν από μια ανίατη ασθένεια.
O Lust, παρέμεινε κοντά στον Kneipp, μελέτησε όλο το θεραπευτικό του σύστημα και επέστρεψε στην Αμερική όπου και το εφάρμοσε με εξαιρετική επιτυχία.
Ο Δρ. Lust ίδρυσε ένα τεράστιο θεραπευτικό συγκρότημα και εξέδωσε πολλά περιοδικά που σχετίζονταν με τη Φυσικοπαθητική Αγωγή και Υδροθεραπεία. Το 1902 δημιούργησε την πρώτη Αμερικανική Σχολή Φυσικοπαθητικής.
Ο Lust δημιούργησε τον όρο «Φυσικοπαθητική» το 1902 για να περιγράψει την εκλεκτική συγκέντρωση των πρακτικών φυσικών μεθόδων θεραπείας οι οποίες οραματίστηκε σαν το μέλλον της φυσικής θεραπευτικής.
Τα χρόνια από το 1902 – 1917 ήταν αυτά στα οποία διαμορφώθηκε η μορφή και οι αρχές της Φυσικοπαθητικής στις ΗΠΑ. Ο Lust υποστήριξε ότι μια σωστή ζωή με σωστές διατροφικές συνήθειες, υδροθεραπεία και η τόνωση της ψυχολογίας ήταν τα βασικά εργαλεία για να αποκαταστασθεί η υγεία. Επίσης ενσωμάτωσε τη Βοτανοθεραπευτική στη Φυσικοπαθητική.
Οι χρονιές από το 1918 έως το 1937 ήταν γνωστές ως οι Αλκυονίδες μέρες της Φυσικοπαθητικής. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, η Φυσικοπαθητική αύξησε το κύρος της και ήταν ευρύτερα αποδεκτή από το κοινό. Πολλές πολιτείες των ΗΠΑ εισήγαγαν νόμους για την αδειοδότηση της μεθόδου κατά τη διάρκεια αυτών των χρόνων.
Στα τέλη του 1920 και αρχές του 1930 πολλά φυσικοπαθητικά περιοδικά κυκλοφόρησαν και μάλιστα είχαν πολύ μεγάλη αναγνωσιμότητα. Αυτό έγινε για να παρέχουν πληροφορίες σχετικά με την πρόληψη των ασθενειών και τη διατήρηση ενός υγιεινού τρόπου ζωής. Τα περιοδικά αυτά τόνιζαν τη σημασία των σωστών διατροφικών συνηθειών και επικεντρώθηκαν στο πως μπορεί κάποιος να διορθώσει τη διατροφή του.Η Φυσικοπαθητική συμβούλευε την κατανάλωση τροφίμων πλούσιων σε φυτικές ίνες και την μείωση κατανάλωσης κόκκινου κρέατος.
Το 1945, ο Dr Benedict Lust πέθανε. Μετά το θάνατό του, η δημοτικότητα της Φυσικοπαθητικής θεραπευτικής μειώθηκε εν μέρει λόγω της μεγάλης επιτυχίας που είχαν τα αντιβιοτικά στην καταπολέμηση των μολύνσεων. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου ενισχύθηκε σημαντικά η αλλοπαθητική ιατρική.
Στη δεκαετία του 1960, το ευρύ κοινό της Αμερικής, άρχισε πάλι να καταλαβαίνει τη σημασία της σωστής διατροφής και του υγιεινού τρόπου ζωής. Ετσι ενισχύθηκε η παρουσία των Εναλλακτικών θεραπείων και η Φυσικοπαθητική γνώρισε μια δεύτερη περίοδο άνθησης.
Το 1978, δημιουργήθηκε το πρώτο σύγχρονο κολέγιο Φυσικοπαθητικής, γνωστό ως Εθνικό Κολέγιο Φυσικοπαθητικής Ιατρικής. Το 1987, το Πανεπιστήμιο Bastyr έγινε το πρώτο ευρύτερα αναγνωρισμένο Φυσικοπαθητικό κολέγιο.
Σήμερα, η Φυσικοπαθητική ασκείται ευρέως όχι μόνο στις ΗΠΑ αλλά και σε ολόκληρο τον κόσμο. Φυσικοπαθητικές θεραπείες θα πρέπει να εφαρμόζονται μόνο από έναν επαγγελματία φυσικοπαθητικό που έχει άδεια άσκησης επαγγέλματος. Σήμερα τα Φυσικοπαθητικά φάρμακα, οι θεραπείες και οι τεχνικές αλλάζουν την ιατρική πρακτική στρέφοντάς την ξανά προς την κατεύθυνση της ενίσχυσης του ατόμου για την αποκατάσταση της υγείας του και αντιμέτωπίζοντας το άτομο ολιστικά.